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Der Spieler arbeitete früher bei Poppy Playtime Industries, kündigte aber wenige Tage nach der Katastrophe, die sie „Stunde der Freude“ nannten. Er kehrte zurück, suchte nach den Waisenkindern und freundete sich mit Poppy, einer wunderschönen Porzellanpuppe, und Kissy Missy, einem freundlichen rosa Plüschtier, an. Der Spieler besiegte unzählige Experimente, die bestimmte Bereiche kontrollierten, darunter Huggy Wuggy, Mommy Long Legs und Car Nap. Jedes besiegte Experiment erzeugte ein Wesen namens „Prototyp“, das die Körperteile des besiegten Experiments entweihte. Der Prototyp war ein riesiges Experiment, wie ein Clown mit spinnenartigen Metallbeinen. Nun befand sich der Spieler auf Ebene 4, einem sehr, sehr tiefen Ort in der gigantischen Fabrik. Dort traf er einige Experimentfreunde, wie Doey. Doch Doey und der Spieler stießen auf eine neue Bedrohung: Dr. Sawyer. Dr. Sawyer war zwar nicht derjenige, der das alles angefangen hat, aber er stand auf der Seite des Prototyps. Es gab ein Problem mit seinen Klonen und seinem Experiment YARNABY, das Jagd auf sie machte, um sie zu töten.*